Война не щадит ни детей, ни взрослых. Война охватывает каждого человека, доставляя массу страданий. Война ослепляет своей жестокостью, но никого никогда не оправдывает.
Мир шиноби уже несколько лет переживает все тяготы войны...
Великие Селения продолжают сражаться на территориях маленьких деревень, в число которых попало маленькое государство Амегакуре но Сато. Именно тогда, переживая всю причиненную боль, в деревне Скрытого Дождя появилась организация, группа мятежников, которая стала себя называть Акатсуки.
Лидер селения Ханзо Саламандра заключает союз с Шимурой Данзо, в чьи интересы входит занять место Хокаге. Союз двух шиноби должен дать взаимную выгоду: Ханзо избавится от мятежников на территории собственного селения, а Данзо наконец займет место лидера Селения Листа.
Трио Саннинов и Конохагакуре занимается своими делами. Джирайя отправляется на поиски собственных учеников в Деревню Дождя, так как считает, что мятежники из Амегакуре вполне могут оказаться подопечными. Тсунаде путешествует по стране Огня, играя в азартные игры. После смерти своего возлюбленного принцесса Слизней покидает родное селение вместе с племянницей Дана - Шизуне. Женщина не желает иметь дел с деревней и, более того, события прошедших дней оставили на сердце одной из Легендарный Троицы, глубокий шрам. Орочимару пребывает в в АНБУ "Не", лидером которого является Данзо. Исследования Змеиного Саннина затрагивают не только превосходство над жизненным циклом, помимо этого работа в Корне позволяет узнать о новых возможностях, в том числе и о техниках предыдущих Хокаге. Помимо этого Змеиный Саннин наделен достаточной властью, старик Третий закрывает на это глаза, от того появляется возможность создания Проклятой Печати.
Третий Казекаге, экспериментируя с чакрой биджу Шукаку, надеется усилить свою деревню в этой войне, зная это, Ивагакуре, ведущая войну с Конохой на территории Страны Травы, решает, что не может дать укрепить боевую мощь Селению Песка, поэтому решает уничтожить джинчурики однохвостого, тем самым лишив Сунагакуре единственного биджу.
В свою очередь, деревня Облака понимают, в каком невыгодном положении окажется, если позволит Ивагакуре или Конохе захватить маленькие страны, отделяющие страну Молний от других Великих Государств, поэтому вступают в конфликт, чтобы захватить контроль на ближайших к своему селению территориях, а также заполучить додзюцу, которые принадлежат кланам Конохи или Кекке Генкаи деревни Камня. Вместе с этим селение Скрытого Облака не отказывается от возможности получить джинчуурики Кьюби, не смотря на неудачную попытку в прошлом.
И в это время Деревня Скрытого Тумана, находящаяся вдали от главного поля боя решает не терять шанс и уничтожить Селение Облака, пока деревня ведет войну с другими.
Впрочем, в этом невозможном хаосе до сих пор живут люди, верящие, что война будет закончена, и вновь настанут мирные времена. А пока, им приходится… жить на поле боя.